31 października 1918 r. Józef Kustroń wziął udział w rozbrojeniu garnizonu austriackiego w Krakowie. 1 listopada mianowany został oficerem Wojska Polskiego. Wnet powierzono mu odpowiedzialne funkcje: szefa Biura Prasowego w Dowództwie Krakowskiego Okręgu Generalnego, potem kierownika sekcji kulturalno - oświatowej w Ministerstwie Spraw Wojskowych. W roku 1922 powrócił do służby liniowej w stopniu podpułkownika, jako zastępca dowódcy 42. Pułku Piechoty w Białymstoku. W 1922 r. został dowódcą 55. Poznańskiego Pułku Strzelców Wielkopolskich w Lesznie, a w roku 1930 dowódcą 16. Dywizji Piechoty w Grudziądzu. W 1939 r. jako generał brygady, objął dowództwo 21. Dywizji Piechoty Górskiej w Bielsku, która wchodziła w skład Grupy Operacyjnej Bielsko, należącej do Armii Kraków. Miała ona za zadanie obronę czterdziestokilometrowego odcinka: Dziedzice - Bielsko - Biała - Barania Góra.
16 września 1939 r. około godziny 10 rano, w czasie przebijania się dywizji otrzymał gen. Kustroń ranę postrzałową nad prawym okiem, ale dowodził nadal, mimo propozycji wycofania się z kolumną południową. Około godziny 14 w lesie między Koziejówką a Płazowem, na pd.-zach. od Oleszyc, kolumna została silnie ostrzelana z niemieckiej zasadzki. Padło wielu żołnierzy. Gen. Kustroń otrzymał postrzał w prawy policzek, krzyże i prawą łopatkę. Zginął na polu chwały, trzymając w zaciśniętej dłoni vista gotowego do strzału.

Dla podkomendnych Józef Kustroń pozostał na zawsze przykładem, jak żyje i umiera dowódca. Generał Józef Rudolf Kustroń zostawił po sobie pamięć gorącego patrioty i zasłużonego żołnierza. Pozostawił też szereg publikacji, w których dał wyraz swoim poglądom na rolę społeczeństwa, państwa i spółdzielczości. Poglądom utopijnym, lecz prawym i szlachetnym

Powiedzieli o nim:

"Doskonały organizator, wybitny wychowawca, piękny szlachetny charakter, inteligencja głębsza i silne poczucie społeczne. Ma i wadę – to zbytnia wyrozumiałość. Bardzo był generał kochany przez nas wojskowych, oficerów i żołnierzy".